Ngày sinh của Henrietta là 16 tháng 6 theo lịch cũ, và 26 tháng 6 chiếu theo lịch mới. Bà là con gái nhỏ nhất của Charles I của Anh và Henrietta Maria - một công chúa người Pháp, được sinh ra ngay trước đêm xảy ra Trận Newbury thứ hai trong Nội chiến Anh. Bà được sinh ra trong dinh thự của William Russell, Bá tước xứ Bedford thứ 2, người khi trước theo phe Nghị viện, sau lại trở về phe của vương thất. Mẹ của bà Henrietta Maria, là con gái út của Henry IV của Pháp và Marie de' Medici, vì lý do này mà Henrietta có một liên hệ chặt chẽ với vương thất Pháp, đây cũng là điều được vận dụng tối đa trong quá trình trưởng thành về sau của bà.

Ngay trước khi Henrietta được sinh ra, mẹ của bà bị bắt chuyển từ Oxford sang Exeter. Vào thời điểm ấy, nhiều người không hi vọng gì vào bào thai của Vương hậu có thể an toàn, vì tình trạng khắc nghiệt của hoàn cảnh cũng như sức khỏe của mẹ bà rất yếu[2]. Sau một cuộc chuyển dạ đầy khó khăn, Henrietta được sinh ra và giao cho Anne Douglas, Bà Bá tước xứ Morton, khi ấy được biết đến đơn giản là Lady Dalkeith[3].

Vì sự an toàn của con gái nhỏ, Henrietta Maria dời đến Falmouth rồi đến Pháp, nơi mà bà yêu cầu cháu trai Louis XIV giúp đỡ Vua Charles I trong cuộc chiến căng thẳng. Trong thời gian ấy, Henrietta bị chứng co giật có thể nguy hiểm tính mạng, song may mắn đã qua khỏi. Ngày 26 tháng 7 năm ấy, Henrietta lần đầu gặp cha mình, Vua Charles I, trước đó thì nhà Vua yêu cầu tổ chức lễ rửa tội cho con gái theo quy chuẩn của Giáo hội Anh tại Nhà thờ Exeter vào ngày 21 tháng 7 cùng năm[4]. Sau đó, Henrietta được di chuyển đến Cung điện Oatlands bên ngoài London, và tại đó Henrietta đã sống trong 3 tháng, trước khi di chuyển bí mật đến Pháp vào tháng 6 năm 1646. Lady Dalkeith đã phụ trách việc hộ tống Henrietta an toàn đến Pháp[5].